ClickHouse no tiene dependencias en tiempo de ejecución. Se distribuye como una única aplicación binaria totalmente autónoma. Esta aplicación proporciona toda la funcionalidad del clúster: atiende consultas, actúa como nodo de trabajo del clúster, como sistema de coordinación que proporciona el algoritmo de consenso RAFT y como cliente o motor de consultas local.
Esta elección de arquitectura lo diferencia de otros sistemas, que a menudo tienen nodos dedicados de frontend, backend o agregación, ya que simplifica el despliegue, la gestión del clúster y la monitorización.